根据《国家税务总局关于做好新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控期间出口退（免）税有关工作的通知》（税总函〔2020〕28号）的规定，在疫情防控期间，按照“容缺办理”的原则，区分以下情形分别处理；二、对因疫情影响未能进行实地核查的出口退（免）税申报业务，在疫情防控期结束后，税务机关应及时开展实地核查或当面约谈等调查评估工作，并根据核查和评估情况按照现行规定进行处理。纳税人按规定需实地核查通过后办理的退（免）税业务，已经按照本通知第三条规定办理退（免）税，但经实地核查后属于按规定不予办理退（免）税情形的，应追回已退（免）税款。在疫情防控期间，需要实地核查的出口退税业务分三种情况处理：
一、如果企业首次申报的退（免）税业务，累计申报的应退（免）税额未超过限额，经本级税务机关负责人确认可先行审核办理退（免）税；累计申报的应退（免）税额超过限额的，超过限额的部分暂不办理退（免）税。
需要说明的是，首次申报出口退（免）税的范围包括：外贸企业首次申报退（免）税；生产企业首次申报退（免）税；外贸综合服务企业首次申报退（免）税；委托代办退税但未进行首次申报实地核查的生产企业；纳税人变更退（免）税办法后首次申报退（免）税。
累计申报应退（免）税额的限额标准为：外贸企业（含外贸综合服务企业申报自营出口业务）100万元；生产企业200万元；委托代办退税的生产企业100万元。纳税人变更退（免）税办法的，根据变更后的企业类型，按上述标准确定。如遇特殊情况，省级税务机关可酌情提高限额标准。
二、其他按照现行规定需实地核查通过才能办理的出口退（免）税，除管理类别为四类的出口企业以及经审核无法排除涉嫌骗税疑点的情形外，经省级税务机关同意，可以比照第一类执行。
三、管理类别为四类的出口企业以及经审核无法排除涉嫌骗税疑点的出口退（免）税申报，经本级税务机关负责人确认，可以暂不开展实地核查，相应退（免）税暂不办理。
因此，税务机关将根据企业的具体情况来确定如何处理。
