企便函[2009]33号文明确：本次企业自查调增的应纳税所得额可以弥补以前年度亏损，调减的应纳税所得额，若有多缴所得税的则暂不办理退税，抵减以后年度应纳税额。这里需要注意两个问题：
1、关于企业自查调增的应纳税所得额可以弥补以前年度亏损。国税发[1997]181号文《关于企业所得税若干业务问题的通知》曾规定，纳税人查增的所得额不得用于弥补以前年度的亏损。该规定是指企业纳税人进行汇算清缴后，税务机关检查调增的应纳税所得额，而不包括纳税人根据有关规范性文件自行调整的数额，而且本次企业自查调增的是本年度而非以前年度应纳税所得额，因此可以弥补以前年度亏损。当然这里还应注意企业所得税法第十八条的规定，即企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过五年。
2、关于调减应纳税所得额涉及多缴所得税的处理。根据《税收征收管理法》第五十一条规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的法规退还。国税发[2009]79号《企业所得税汇算清缴管理办法》第十一条也规定，纳税人在纳税年度内预缴企业所得税税款少于应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内结清应补缴的企业所得税税款；预缴税款超过应纳税款的，主管税务机关应及时按有关规定办理退税，或者经纳税人同意后抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。企便函[2009]33号文关于调减应纳税所得额涉及多缴所得税的处理与上述文件并不完全符合。当然，企便函[2009]33号文只是国家税务总局大企业司针对最近部分定点联系企业税收自查工作过程中反映出的有关问题适用税收政策的回复，并不普通适用纳税人，因此本条规定应仅适用于此次自查所涉及的企业。
